Hiroyuki Seshita

ฮะรุโอะกับเพื่อนๆ ติดต่อชนเผ่าพื้นเมืองฮูตูอาบนโลก พวกเขาวางแผนเดินทางไปยังศูนย์พัฒนาเมคาก็อดซิลล่าเพื่อหาวิธีโค่นก็อดซิลล่าให้ได้

ภายในเมืองอันกว้างใหญ่ที่สร้างเลียนแบบตัวเองขึ้นมาและต้องการกำจัดทุกชีวิต คิลลี่ผู้ลึกลับและโดดเดี่ยวปรากฏตัวขึ้นเพื่อนำทางมนุษยชาติที่เหลือไปสู่หนทางรอด

ขณะที่สามพี่น้องแมวขโมยอย่างฮิโตมิ รูอิ และไอ ลงมือขโมยภาพวาดจากพิพิธภัณฑ์ ลูแปงที่ 3 ก็ปรากฎตัวขึ้นและขโมยภาพวาดอีกชิ้นไปได้ ภาพวาดทั้งสองเป็นผลงานในภาพชุด "เด็กหญิงและดอกไม้" ...